Esta coordinación dispone de laboratorios de análisis fisicoquímicos y bacteriológicos para apoyar las investigaciones con caracterización de aguas y efluentes líquidos. En ellos se realizan además, pruebas de operaciones y procesos unitarios aplicados al tratamiento de aguas específicas.
Asimismo, se tiene acceso a la planta de tratamiento de aguas residuales que renueva las aguas negras de Ciudad Universitaria y una zona de Copilco. Dicha instalación, además de proporcionar el agua necesaria para regar las áreas verdes de CU, permite realizar investigaciones sobre el desarrollo y adaptación de diferentes procesos de tratamiento de aguas residuales.
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